Raspberianでスクリーンショットを撮るときは、Scrotがオススメ。

Scrotをインストール

$ sudo apt-get install scrot

ウインドウを指定してスクリーンショットを撮るときは、
sオプションを付けて実行し、該当のウインドウをクリックする

$ scrot -s

以上でスクリーンショットを撮影することができる